Apogee Software Ltd a été créée en 1987 par Scott Miller aux USA. En 1994, la société ouvre un label au nom de 3D Realms pour faire connaître sa franchise
Duke Nukem. Son importance est telle lors des années suivantes que le nom 3D Realms est utilisé dès fin 1996 pour toute la compagnie. Un autre label,
Pinball Wizards, est créé en 1997 mais utilisé pour un seul jeu et rapidement abandonné. En faillie en 2009, des licences sont finalement vendues et dans les années 2010, le studio survit avec seulement trois employés avant d'être racheté en 2014 par le danois Interceptor Entertainment.
La marque Apogee Software a quant à elle été récupérée par un ancien collègue du fondateur de l'Apogee d'origine, qui lance en 2008 au Texas: Apogee Software LLC.